2013年，聂卫平因短时间内暴瘦40多斤就诊于国家癌症中心、中国医学科学院肿瘤医院，并被确诊罹患了直肠癌，且已属晚期。2013年11月5日，聂卫平进行了腹腔镜直肠癌根治＋预防性肠造瘘术。术后两周聂卫平出院，然后接受了化疗。直肠癌术后两年为复发高峰期，聂卫平术后定期复查无肿瘤复发迹象，而且肠镜观察结果提示吻合口愈合良好。

身体逐渐康复之后，聂卫平的身影重新活跃在国内的各类围棋活动中。2015年11月，他参加了由儿子孔令文策划的在芜湖进行的中日围棋擂台赛纪念赛。2016年1月下旬，他还和徒弟常昊搭档在一项名人双人赛中夺得冠军。经过成功的手术治疗，聂卫平仍毅然坚守热爱、活跃于围棋赛场，以顽强意志诠释对围棋的赤诚。他曾多次坦言：“只要是对围棋有益处的事情，我都会不遗余力去做。”（综合：中国体育报、人民日报、央视新闻、中国新闻社、新民晚报）